近年来，不少农户虽逐渐加深了对微生物菌肥的认知，知道施用微生物菌肥可以改良土壤，增加作物品质，却不知道如何更有效的施用微生物菌肥。
首先微生物菌肥施入到土壤中要调控好地温
一般微生物菌肥中的微生物菌生命活动***为活跃温度是在18-25℃，低于5℃，高于40℃，施用效果较差。因此想要微生物菌肥快速繁殖生长，建议在早上或是傍晚施用微生物菌肥。
而对于大棚作物，要想调控好地温，首先要调控好棚内气温，一般棚内气温白天应保持在25-30℃，夜间棚内温度低，为避免地温散失，维持地温恒定，除了采取地膜覆盖外，在操作行内覆盖作物秸秆也不失为一种好办法。
二是要调控好土壤的湿度
微生物菌肥***适合快速繁殖的湿度是60%-70%左右，土壤含水量不足不利于生物菌的生长繁殖，但土壤在浇水过大，透气性不良，含氧量较少的情况下也不利于生物菌的生存，一般在土壤见干见湿时生物菌的生命活动***为活跃。因此，除调控好地温外，合理浇水也是一个重要的因素。一般情况下，浇水应选在时隔24-48小时后的进行。对于大棚类作物建议在隔天的晴天上午进行，因这段时间内浇水有利于地温的恢复和棚内湿气的排除。浇水时要注意浇小水，切忌大水漫灌，浇水后应及时划锄，以增加土壤透气性，促进微生物菌的生命活动。
三是要为生物菌提供充足的“食物”
微生物菌是活的生物，它也需要“吃饭”，而它的“饭”则是有机质。因此在种植作物时一定要施足生物有机肥补充有机质。
四是要尽量避免生物菌受到伤害
微生物菌是一种真菌，同样惧怕杀菌剂，而不少农户为防根部病害常用杀菌剂灌根，这无疑使刚刚在土壤中定居的微生物菌遭受灭顶之灾。另外，大量地冲施化肥对土壤中生物菌的伤害也很大。因此，对于施用微生物菌肥的地，应尽量避免使用杀菌剂灌根，少施大量元素水溶肥等化学肥料，或是施用杀菌剂一个星期后再施用微生物菌肥。
五是生物菌対土壤的酸碱度也有要求
土壤偏碱或偏酸都不利于微生物菌的生长繁殖。一般情况下土壤pH值在6.5-7.5之间时***适合生物菌的繁殖，农户可根据自己土壤的情况加以改造，使微生物菌在一个良好的土壤环境中“生活”。
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