微生物肥料是以微生物的生命活动导致作物得到特定肥料效应的一种制品，是农业生产中使用肥料的一种。其在我国已有近50年的历史，从根瘤菌剂--细菌肥料--微生物肥料，从名称上的演变已说明我国微生物肥料逐步发展的过程。
使用复合微生物菌肥，具有七大功效：
一、减少化肥用量30%-60%。土壤使用复合微生物菌剂后，在土壤中大量分裂繁殖有益菌群，并产生大量有机酸，分解土壤中难溶解的固体磷和固体钾，使土壤中难溶性磷钾释放出来，被作物吸收利用；同时吸附土壤中的氮元素防止挥化和随水土流失，并能固定空气中的氮供应作物生长发育。起到解磷、解钾、固氮、促生长的作用。从而可减少化肥用量30%以上。如每亩施用50公斤复合肥，使用菌剂后，只要施用35公斤复合肥，就可超过50公斤复合肥的效果，节约购买化肥的成本和施用化肥的劳动力。
二、不死苗。土壤中含有砷、铅、镉、铬、汞等有毒重金属和至少含有28种有害病菌和寄生虫，导致作物大量死苗现象发生。使用复合微生物菌剂后，大量分泌、溶解酶等有益毒素，降解土壤中的有毒物质，防止作物中毒死苗；有益菌大量繁殖后，在根系周围迅速形成高密度菌丝体，阻止有害菌入侵，保护作物根系，防止根腐病，茎基腐病，疫病、立桔病，猝倒病等死苗现象；有益菌产生的几丁质酶等拮抗机制，抑制灰霉病，霜霉病、纹桔病、稻瘟病、细菌性青枯病、软腐病、枯萎病、黄萎病、白粉病等为害，使作物产生自我保护能力和健康土壤，防止烂叶烂根死苗。
三、可连作（重茬）。作物收获后，根系腐烂在土壤中产生大量有害毒素，使同种类作物不可能连作，连作后就会毒害根系死苗。使用复合微生物菌剂后，在土壤中大量繁殖有益菌群附着在土壤中腐烂的根系上降解毒素，觖决作物不能连作的问题。
四、不烂果、不烂瓜。土壤中的有毒重金素，有害病菌侵入果实后引起烂果、烂瓜或果实畸形，如西瓜果斑病。施入复合微生物菌剂后，分泌的有益毒素，能降解土壤中的亚硝酸盐及硫化氢等有毒物质，为土壤解毒。同时，抑制土传病害，减少烂果、烂瓜现象发生。
五、杀死地下害虫。土壤中有根蛆、韭蛆、地老虎、蛴螬、蝼蛄，根线虫、白蚁、象甲、天牛等害虫虫卵、虫蛹、幼虫等为害根系和根茎部，造成作物缺蔸。施用复合微生物菌剂后，产生大量附着在虫卵、幼虫体表，使虫卵对环境不敏感，气温回升后卵不能孵化成幼虫，幼虫也不能转变为成虫，失去环境生存能力而死亡。
六、提高肥料利用率。一般单质化肥（尿素、碳铵、磷肥、钾肥）和三元素（N、P、K）复合肥作物利用率30-40%，施用复合微生物菌剂后，能分解土壤中的有机物，使施入的N、P、K化肥与有机质结合，防止随水土流失和被土壤固定，有利作物吸收，使肥料吸收率70%以上，利用率提高1倍以上。
七、增产增甜。施用复合微生物菌剂，在土壤中产生多种氨基酸，核糖核酸，赤毒素，生长素等生理活性物质，提高根的活力，使须根发达，刺激根系吸收功能，防止根系老化，从而提高抗寒、抗旱、抗倒伏能力，提高地上部光合作用转化为淀粉、蛋白质、糖分和维生素，降低农产品中的亚硝酸盐含量，使禾本科作物增产10%-30%，蔬菜瓜果增产10-40%以上，糖分提高2度以上。如葡萄含糖量由16%可提高18-20%，蔬菜口感好。
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